ウィルス除菌隊が除菌で使用しているのは、エタノールとベンザルコニウム塩化物の混合物の散布による除菌・消毒とエアクリーニング（オゾンクリーニング）です。
エタノールとベンザルコニウム塩化物は、厚生労働省でも認可されている薬品です。医療現場や食品加工工場などで使用されています。どちらもご家庭でも使われているオーソドックスな薬品ですが、濃度により効果が変わります。ウィルス除菌隊では、最も効果が高いと考える独自配合で、新型コロナウィルス・各種ウィルス・カビなどを徹底的に除菌・消毒します。
エアクリーニング（オゾンクリーニング）は、オゾンの除菌・消臭効果を使います。空気中にも存在し、海岸や森林の空気中には多く含まれてます。紫外線から私たちを守っている（オゾン層）としても有名です。また、水道の高度浄水処理としても利用されています。オゾンは酸素の同素体で、化学式はO３です。不安定な性質で、酸化する力が強く結合してウィルスなどを分解します。分解後は酸素となるため安全です。ただ、高濃度のオゾンは健康に影響がある可能性があるため、換気が必要となります。